โรงเผาขยะทำลายภาคเศรษฐกิจนอกระบบ และภาคเศรษฐกิจนอกระบบส่งผลกระทบในหลายด้านต่อโรงเผาขยะ

เมื่อมีการนำโรงเผาขยะมาใช้ในชุมชนที่มีอุตสาหกรรมรีไซเคิลนอกระบบขนาดใหญ่ จะทำให้คนเก็บขยะตามแหล่งทิ้งขยะต้องเปลี่ยนมาเก็บขยะก่อนเผา ซึ่งจะทำให้องค์ประกอบเปลี่ยนแปลงไปและปริมาณของขยะที่เหลือสำหรับการเผาน้อยลง โดยอาจทำให้ปริมาณขยะที่จะเหลือสำหรับเผาน้อยลงและไม่มีความเป็นเชื้อเพลิง จนแทบไม่คุ้มค่าที่จะเดินเครื่อง คนเก็บขยะจะแยกวัสดุที่มีค่ามากที่สุดออกไป วัสดุบางอย่าง (เช่น ไม้) มีความเป็นเชื้อเพลิงสูง ซึ่งเป็นคุณลักษณะของวัสดุที่ผู้ออกแบบโรงเผาขยะต้องการ คนออกแบบโรงเผาขยะมักไม่คิดถึงปัจจัยของคนเก็บขยะที่เข้ามาเกี่ยวข้อง

นอกจากนั้นโรงเผาขยะยังทำให้ชีวิตของคนเก็บขยะลำบากหรือเลวร้ายลง