ในกระบวนการซัลเฟตหรือคราฟท์ (Kraft: จากภาษาเยอรมันมีความหมายว่าแข็งแรง) ประกอบด้วยการต้มชิ้นไม้ด้วยโซดาไฟ เยื่อกระดาษที่ได้จะมีสีน้ำตาลเข้มอย่างถุงกระดาษสีน้ำตาลและมีความแข็งแรงมาก นับจากสงครามโลกครั้งที่สอง การทำเยื่อโดยกรรมวิธีคราฟท์แพร่หลายมากที่สุดในโลก เป็นกระบวนการที่มีประสิทธิภาพสูงสุดในการขจัดยางไม้และลิกนินออกจากไม้เนื้ออ่อน ในขณะที่เยื่อกระดาษยังคงมีความแข็งแรงและมีคุณภาพสูง สิ่งนี้นำไปสู่การตัดทำลายป่าไม้เนื้ออ่อนอันกว้างใหญ่ไพศาลของอเมริกาเหนือ และสแกนดิเนเวีย
การทำเยื่อคราฟท์แบบที่ไม่ฟอกขาวเป็นระบบปิด เศษเนื้อไม้ที่เหลือประกอบด้วยสารเคมีที่เป็นพิษมาก เช่น กรดยางไม้ จะนำมาเผาใช้เป็นเชื้อเพลิง และสารเคมีที่ใช้ในการทำเยื่อมากกว่าร้อยละ 95 ก็จะนำมาใช้อีกในรอบการผลิตครั้งต่อไป เพราะฉะนั้น สารเคมีที่ใช้ในระหว่างกระบวนการผลิตจึงมีปริมาณน้อยมากอย่างน่าประหลาดใจ เยื่อคราฟท์ 1 ตัน หรือ 1,000 กิโลกรัม ใช้โซเดียมซัลเฟตเพียง 20 กิโลกรัมและแคลเซียมคาร์บอเนต 75 กิโลกรัม
อย่างไรก็ตาม การผลิตเยื่อคราฟท์ก็ยังปล่อยสารพิษสู่สิ่งแวดล้อม การผลิตเยื่อคราฟท์ 1 ตัน ปล่อยซัลเฟอร์ไดออกไซด์ประมาณ 1 ถึง 3 กิโลกรัมสู่บรรยากาศ ซัลเฟอร์ไดออกไซด์เป็นหนึ่งในสารหลักที่ก่อให้เกิดฝนกรด กระบวนการผลิตยังก่อให้เกิดกลิ่นก๊าซไข่เน่าอย่างรุนแรง ประเทศที่มีประชากรหนาแน่นอย่างเยอรมนีตะวันตกจึงออกกฎหมายห้ามผลิตเยื่อกระดาษด้วยกรรมวิธีคราฟท์โดยเด็ดขาด
เส้นใยเซลลูโลสที่สูญหายระหว่างกระบวนการผลิตนั้น จะถูกระบายไปพร้อมกับของเสียจากโรงงาน และสามารถทำให้เกิดแพเส้นใย (Fibre beds) ซึ่งจะต้องใช้ออกซิเจนมากมายในการย่อยสลาย สิ่งมีชีวิตอื่นซึ่งอยู่บริเวณรอบๆ ของท่อน้ำทิ้งของโรงงานจึงขาดอากาศหายใจ
วัตถุมีพิษจากกากของเสียจากกระบวนการทางเคมีต้องบำบัดด้วยวิธีการทางชีวภาพ เช่น การใช้แบคทีเรียย่อยสลาย
เกลืออลูมินั่มซึ่งใช้ทำให้น้ำในกระบวนการผลิตมีความบริสุทธิ์นั้น เป็นพิษอย่างยิ่งต่อปลาบางชนิด อาทิ ปลาแซลมอน และการปนเปื้อนโดยอุบัติเหตุ (การปล่อยน้ำเสียลงแหล่งน้ำสาธารณะ) ที่เกิดขึ้นบ่อยครั้งอาจก่อให้เกิดหายนะภัยร้ายแรงต่อพืชและสัตว์น้ำที่อยู่ด้านท้ายน้ำได้
ข้อเสียอีกประการหนึ่งของกรรมวิธีคราฟท์ คือถ้านำเยื่อกระดาษสีน้ำตาลเข้มที่ได้จากกระบวนการไปผลิตกระดาษขาว จะต้องมีการฟอกขาวอย่างเข้มข้น เทคโนโลยีการฟอกขาว มีผลกระทบและทำลายสิ่งแวดล้อม มิหนำซ้ำเยื่อกระดาษยังจะเจือปนด้วยไดออกซินซึ่งเป็นสารพิษรุนแรง
ถึงแม้ว่าการใช้ของเหลือจากกระบวนการทำกระดาษเป็นเชื้อเพลิงจะมีส่วนประหยัดพลังงาน แต่ขณะเดียวกันก็เท่ากับเป็นการมองข้ามคุณค่าที่แท้จริงของของเหลือเหล่านั้นซึ่งได้แก่ ลิกนิน ยาง และน้ำมัน (สน) สารเหล่านี้ถูกเผาทำลายแทนที่จะสกัดออกมาและนำไปใช้ประโยชน์ตามศักยภาพการในอุตสาหกรรมอื่นๆ ซึ่งสามารถใช้สารเหล่านี้เป็นวัตถุดิบอยู่แล้ว
