เงินลงทุนเบื้องต้นของโครงการโรงเผาขยะทำให้เกิดภาระกับระบบเศรษฐกิจในท้องถิ่น และเพิ่มหนี้สินสำหรับประเทศกำลังพัฒนาในสองลักษณะใหญ่ ๆ
ประการแรกซึ่งเห็นได้ชัดเจนที่สุดก็คือ พวกเขาต้องไปกู้เงินจากต่างประเทศเพื่อก่อสร้างและบำรุงรักษาโรงงานเหล่านี้ ต้นทุนเหล่านี้ไม่ได้มีเฉพาะในช่วงก่อสร้าง เนื่องจากประเทศต่าง ๆ ต้องสูญเสียเงินสกุลต่างชาติเพื่อจัดซื้ออุปกรณ์สำหรับการซ่อมแซมและบำรุงรักษาในระยะยาวอีกด้วย ธนาคารโลกประมาณว่าอย่างน้อยครึ่งหนึ่งของเงินลงทุนจะต้องจ่ายเป็นเงินสกุลต่างชาติ
หนี้สินจากโครงการโรงเผาขยะที่เป็นภาระอาจเห็นได้จากข้อเสนอโครงการโรงเผาขยะในเมือง Miljoteknik Zychlin ในประเทศโปแลนด์ในช่วงต้นทศวรรษ 1990 โครงการนี้ต้องหยุดลงหลังจากกลุ่มสิ่งแวดล้อมในท้องถิ่นพบว่า ถ้าดำเนินการตามโครงการนี้ ชุมชนซึ่งประกอบด้วยประชากร 14,000 คนจะต้องชำระหนี้เป็นเงิน 5 ล้านเหรียญสหรัฐในช่วงมากกว่า 100 ปีข้างหน้า!
อีกตัวอย่างหนึ่งได้แก่โรงเผาขยะเทศบาลกรุงบูดาเปสต์ ประเทศฮังการี ซึ่งดำเนินการต่ำกว่าความสามารถอย่างน้อยเป็นเวลา 10 ปี ตั้งแต่เริ่มต้นเดินเครื่องในปี 1982 โรงงานแห่งนี้ต้องปิดซ่อมบ่อย ๆ ทั้งนี้เพราะการออกแบบหม้อต้มน้ำที่ไม่ดี แต่แม้โรงงานแห่งนี้จะมีผลการดำเนินงานที่ย่ำแย่ เทศบาลเมืองยังต้องคอยเสียเงินซ่อมแซมโรงงานแห่งนี้อีกเป็นจำนวน 25 ล้านดอยชต์มาร์ก (11.6 ล้านเหรียญสหรัฐ) โดยใช้เงินกู้ยืมจากเยอรมนี
ในประเทศไทยมีการเสนอโครงการก่อสร้างโรงเผาขยะในกรุงเทพฯ ซึ่งจะมีโรงเผาขยะสี่เตาที่ได้รับทุนสนับสนุนจากญี่ปุ่น แต่ละเตาจะสามารถกำจัดขยะ 1,300 ตันโดยใช้เงินลงทุน 20,000 ล้านบาท (540 ล้านเหรียญสหรัฐ) เงินลงทุนจะมาจากเงินกู้ดอกเบี้ยต่ำสำหรับรัฐบาลไทยในกรณีที่ซื้อโรงเผาขยะจากญี่ปุ่น ในปี 1998 ญี่ปุ่นให้เงินกู้เพื่อการพัฒนาเศรษฐกิจทั่วไปกับไทย 117,562 ล้านเยน ทั้งนี้เพื่อช่วยกอบกู้เศรษฐกิจภายหลังวิกฤตเศรษฐกิจในเอเชีย
ในปี 1999 โครงการให้ความช่วยเหลือด้านการพัฒนาโพ้นทะเล (ODA) ของญี่ปุ่นให้เงินกู้เพิ่มเติมมาอีกจำนวนมาก ซึ่งการให้เงินกู้เหล่านั้นถูกใช้เป็นเครื่องมือต่อรองเพื่อขายเทคโนโลยีโรงเผาขยะจากญี่ปุ่นให้กับไทย
ผลกระทบประการที่สองของโรงเผาขยะที่มีต่อภาระหนี้สินของประเทศกำลังพัฒนาได้แก่ การทำให้ประเทศเหล่านั้นต้องพึ่งพาการนำเข้าสินค้าที่ผลิตจากประเทศอื่น ซึ่งเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นกับทุกประเทศ โรงเผาขยะทำลายทรัพยากรไม่ว่าจะเป็นกระดาษ พลาสติก สิ่งทอ และอินทรียวัตถุ ซึ่งอาจย่อยสลายหรือนำกลับมาผลิตเป็นสินค้าใหม่ได้ แทนที่จะช่วยให้ประเทศเหล่านั้นพัฒนาอุตสาหกรรมใหม่ ๆ และลดการนำเข้าสินค้า โรงเผาขยะจะเปลี่ยนทรัพยากรอันมีค่าให้กลายเป็นควันและเถ้าถ่าน
